◆检测方法不精确
有的地方检测方法不先进或不灵敏会得出假阴性结果，换句话说，疫苗已经起效了，实际上已产生了抗体，只是检测方法不精确而已。这时应当用较灵敏的方法，如酶联免疫法或放射免疫法来重新检测。
◆免疫反应太弱
机体对疫苗的免疫反应太弱，只产生微量的抗体，以至用先进的检测方法仍未能发现表面抗体的踪迹。这时可加大乙肝疫苗的剂量(每次10微克)，每月注射1次，共3次。同时，有学者认为注射乙肝疫苗合用其他免疫刺激药物，如猪苓多糖、卡介苗等，可以提高免疫效果。
◆已发生隐匿性感染
如按规定程序接种后仍不产生表面抗体，则可应用PCR(体外核酸扩增技术)方法检测血清中的乙肝病毒DNA (HBV-DNA)。
乙肝病毒容易发生变异，变异后的病毒，其生物特性有了新的变化，可使乙肝疫苗无法发挥作用。另外，一些乙肝病毒感染者，乙肝病毒表面抗原的亚型有所不同。亚型种类有多种，乙肝疫苗是针对主要的病毒亚型而设，所以难免有顾及不到的亚型，如果是较为罕见的病毒亚型，乙肝疫苗也不会有保护作用。
临床上有少数病人实际上已感染了乙肝病毒，但其乙肝表面抗原(HBSAg)的产量很少，用现有的检测方法查不出来，或感染的乙肝病毒已经发生变异，与普通试剂不发生反应，或者还有另外的其他原因。这些病人虽然已感染了乙肝病毒，但不产生免疫反应，且机体呈现免疫耐受状态，如果此时检测乙肝两对半，如核心抗体(抗HBc)、e抗体(抗HBe)、e抗原(HBeAg)为阳性,则说明感染了病毒，在这种情况下注射乙肝疫苗，就不会产生表面抗体。
有乙肝家族史或经常和乙肝患者接触的人，应特别注意乙肝疫苗的接种效果。如没有产生抗体，应注意检查原因，不要盲目乱用药。最重要的是定期复查，注意肝功能变化。
◆免疫功能低下、免疫缺陷者
有类似情况的人不易产生抗体，如晚期肾病、器官移植后、艾滋病感染者等。
总之，打了乙肝疫苗不产生抗体者，可以加打一个疗程；如果还不产生抗体，应注意排除是否为隐匿性或低水平乙肝病毒感染者，以及是否存在乙肝病毒变异情况。以上的复查工作须在检验条件好的正规医院进行。