HPV检测是用来判断是否为HPV感染的。若在病变组织中检出HPVDNA即HPV阳性则表示为HPV感染，对尖锐湿疣诊断有重要价值,但不能仅据此来判断一定是尖锐湿疣,还需结合临床症状及其他检测手段,.同时若在病变组织中HPV检查阴性结果也不能完全排除尖锐湿疣的诊断。
1996年美国修订了生殖器疣的诊断标准如下：
①临床描述：感染的特点为在内外生殖器、会阴或肛门周围出现可见的外生(高起)的增生物。
②实验室诊断标准：活检或脱落细胞标本中有HPV感染的组织病理学变化特点；或在损害活检中用抗原或核酸检测显示有病毒。
③确诊病例：临床上符合且经实验室检查证实的病例。根据我们的经验，凡在临床上见到位于外生殖器和／或肛门部位典型菜花型或呈疣状、向外(高出皮面)生长的赘生物，质软而脆，醋酸试验阳性即可初步诊断为尖锐湿疣；若HPV检查阳性和／或组织病理检查发现典型的凹空细胞等病理特征，则可确诊为尖锐湿疣。