针对局部采用合理的治疗后，可以发现复发率会明显的下降，例如：在局部浸润麻醉下，针对肉眼可见的疣体及其底部用CO2激光治疗方式进行烧灼后，复发率会下降至49％；在醋酸白试验指导下，同时针对亚临床感染区域进行深达真皮浅层，并超出边缘1~2mm的CO2激光浅表凝固法治疗后，其疗效较单纯针对疣体及下部进行激光要好的多，有些临床数据显示其复发率为24％；而选择外涂药局部治疗后，复发率会更低，如使用111搽剂A去掉疣体及用111搽剂B清除残余的病毒、治疗亚临床感染后，其复发率仅为10％～12％。如上所述，疣体的底部进行烧灼或亚临床感染被治疗后，复发率就会明显的下降，这说明导致复发的“疣根”就是疣体下部及其周围的亚临床感染部位和潜伏感染部位的病毒，用手掐掉、用剪刀剪掉、用腐蚀性药物腐蚀掉或用物理方式切除掉都只是单纯的去掉表面的疣体，而下面及其周围的病毒（也就是所谓的“疣根”）还依然存在，所以过不了多久就会复发这是必然的。
这也就说明尖锐湿疣的疣体及其周围的病毒是造成复发的重要原因，是否复发在很大程度上取决于病毒的清除程度。临床上所采取的各种物理方式都能有效的去掉表面的疣体，但不能准确到达疣体的根部，对无症状感染区域的病毒也无法准确的识别清除，增加了复发的可能性。而合适的外用药物，由于对hpv感染导致的空化的病变细胞有较强的亲和力，所以可以渗透性的优先作用于病变细胞，疣体便容易整体的脱落，大大的减少了残留病毒的数量，在一定程度上避免了物理方式治疗时某些方面的不足，相应的复发率也会明显的降低。
虽然激光或外涂药都可治疗亚临床感染，有效的降低复发率，但激光的过度治疗容易导致疤痕的形成及产生疼痛，不能准确的治疗感染的区域，所以相对来说还是选择外涂药治疗较好，但要注意药物的选择，要避免使用有腐蚀性的药物，否则就会像前面所描述的，患者因腐蚀性药物所带来的疼痛难以忍受而不能坚持治疗，最终还会导致复发。要选择药性温和且疗效好的药物，如111搽剂，因为111搽剂几乎没有任何副作用，不会产生疼痛，所以易于患者坚持用药。用111搽剂A可以使疣体不知不觉中完整的脱落（疣体脱落处常有个“小洼”，这个小洼说明某些物理治疗或用手掐掉、用剪刀剪掉等方式所去掉的疣体都是不完全的），然后用111搽剂B可以进一步的清除残余的病毒、杀灭萌芽状态的疣体和治疗亚临床感染，所以会最大限度的将病毒清除掉，有效的降低复发率。
不论是激光治疗还是外涂药治疗，都是局部治疗的方式，单纯针对疣体存在的局部及其周围进行治疗就可以有效的且能很大幅度的降低复发率，这说明“疣根”不深，也说明病毒只存在于疣体及其周围的部位，不会进入血液之中，若病毒在血液之中遍布全身各处，采用局部治疗对治疗效果和复发率方面来说是不会有很大改善的。所以说有些患者质疑的“单纯靠局部治疗能去根吗”、“仅仅使用外涂药治疗局部，血液中的疣跟能去掉吗？”、“病毒会在血液中吗”等这些问题就该有个答案了，局部治疗可使复发率大幅度的降低这一点有力的证实了病毒是不存在于血液之中的。
著名的医学专家、前常委会副委员长、中国泌尿外科奠基人之一的吴阶平院士在《泌尿外科学》里关于尖锐湿疣病毒的存在部位提到“与感染者发生性接触，hpv通过皮肤或粘膜的微小损伤进入接触者的皮肤粘膜，hpv刺激表皮基底细胞，发生分裂，使表皮产生增殖性损害。。。。。。只在表皮颗粒层及其上部的细胞中可检测到hpv dna及病毒颗粒。” 吴阶平院士的这段话的意思也就是说病毒从感染部位进入后，只在感染部位的皮肤的表皮层（也就是表皮颗粒层及其以上的细胞）中生存，在其他部位是不能检测到该病毒颗粒的，这也说明了病毒存在部位的局限性，它感染后不会入血，更不会到达全身各处。
因此，大家要对导致复发的“疣根”及病毒存在的部位有个正确的认识，所谓的“疣根”就是治疗后残存的病毒，“疣根”的部位仅在于疣体下部及其周围，要知道病毒不会入血，“疣根”也不是很深，它只是局部受感染区域的皮肤表皮层，只要选择合理的治疗方式，完整的去掉疣体，尽量彻底的治疗亚临床感染及潜伏感染，残存的少量病毒还可被自身的免疫力所清除，所以尖锐湿疣是完全可以治愈不再复发的。