1.胺基酸
酱油在制麴时藉霉菌所产生之蛋白脢和淀粉脢将原科中之蛋白质及淀粉分解。下缸后，此等酵素仍继续将未被分解之蛋白质和醣类进行分解。酱油中之游离态胺基酸常以胺基态氮表示。国家标准CNS一级酱油品质(总氮1.2％，胺基态氮0.48％)。酱油中之游离态胺基酸总含量约 5-6％，其中以麸胺酸(glutamic acid)之含量最高，约占总胺基酸之20％。
2.有机酸
酱油麴下缸以后，由於耐盐性乳酸菌 Pediococtus sp.之增殖而使酱酿之PH值随之下降，由原来之 pH 6.5下降至 pH 5.0左右，而酱酿中之总酸量也随著增加。随著耐盐性酵母菌代之而起，待进入成熟期后，则改由Torulopsis sp.担任后发酵之熟成工作，在此期间酱油酿之香味成分逐渐开始显著地生成。
3.糖类
一般纯酿酱油中之还原糖含量在5％左右。主要醣类包括多糖、双糖及单糖等。单糖中以五碳糖及六碳糖为主，至於四碳糖及七碳糖则未被发现。
